Vedenie školy úzko spolupracuje s inštitúciami a organizáciami podieľajúcimi sa na výchove a vzdelávaní:

·        Metodické centrá mesta Bratislavy 

·        Krajský školský úrad

·        Centrum voľného času  na  Pekníkovej ul.č. 2  v Bratislave

·        Školské výpočtové stredisko na Štetinovej ul.č. 1 v Bratislave a niektoré ďalšie

·        CVPPP Fedákova 3, Bratislava

Na veľmi dobrej úrovni je spolupráca s Okresnou pedagogicko-psychologickou poradňou na Fedákovej ul. č.3, v Bratislave, ktorá nám odborne pomáha pri výchove a vzdelávaní detí s poruchami učenia i správania a pri vyšetreniach školskej zrelosti. Táto poradňa tiež odborne vedie výchovných poradcov pri práci s problematickými deťmi, odborne vzdeláva koordinátorov protidrogovej prevencie a pomáha pri výbere stredných škôl našim žiakom.

Škola má veľmi dobrú spoluprácu a skúsenosti  aj s miestnymi organizáciami a inštitúciami   v Záhorskej Bystrici: hasičský zbor, Slovenský Červený Kríž, farský úrad, miestny úrad.